Dass der Nationalpark fast vollständig im Wasser liegt bzw. von Wasser bedeckt ist, hat natürlich Einfluss auf die Möglichkeiten, dieses Naturparadies zu erleben. Statt wie die meisten anderen Nationalparks wandernd zu erschließen, zieht es Besucher des Biscayne National Parks ins bzw. aufs Wasser.

Eine der beliebtesten Aktivitäten, die Schönheit der Natur zu genießen, ist mit dem Boot durch die Bucht von Biscayne zu kreuzen und eine der Koralleninseln zu besuchen. Die größte Im Park ist Elliott Key und die wohl markanteste Boca Chita Key mit ihrem weithin sichtbaren Leuchtturm. Ablegen kann man von der Küste vor Miami. Die dortigen Häfen Homestead Bayfront und Blackpoint grenzen unmittelbar an die Gewässer des Nationalparks an. Zum Schutz der wertvollen und empfindlichen Ökosysteme gibt es einige Regeln zu beachten.

In den flachen Gewässerzonen dicht an der Küste kommt man mit einem Kanu oder Kayak gut voran. Hurricane Creek und Jones Lagoon gelten als exzellente Orte, zumal sie zu flach für motorisierte Boote sind, so dass man ungestört Tiere und Pflanzen beobachten kann.

Beim Schnorcheln oder Tauchen dringt man in die einzigartige Unterwasserwelt vor. Innerhalb des Nationalparks befindet sich der einzige Maritime Heritage Trail der USA. Dieser „Wanderweg“ unter Wasser führt zu verschiedenen Schiffswracks und einem historischen Leuchtturm, dem Fowey Rocks Lighthouse aus dem Jahr 1878. Der Trail ist nur mit einem Schiff erreichbar, und zu den Wracks wird dann getaucht.

Auf den wenigen zugänglichen Landflächen rund um das Dante Fascell Visitor Center kann man das subtropische Kleinod aber auch gut genießen, ohne sich ins Wasser zu begeben. Ein kurzer Trail führt zum Convoy Point, von dort über einen langen Steg zu einer Art Mole, über die man zum Meer gelangt. Die vier anderen Wanderwege des Park befinden sich auf Inseln, die naturgemäß nur mit einem Boot zu erreichen sind.